FC Barcelona oli lähellä luopua Carles Puyolista jo vuonna 1998. Tuolloin 20-vuotias puolustaja oli alhaalla joukkueen nokkimisjärjestyksessä, ja seura hyväksyi Málagan tekemän tarjouksen hänen pelioikeuksistaan.
Puyolin edellä olivat muun muassa Frank de Boer ja Michael Reiziger. Nuoren puolustajan mahdollisuudet murtautua Barcelonan edustusjoukkueeseen näyttivät rajallisilta, ja seura oli valmis päästämään hänet muualle alle miljoonalla eurolla.
Puyol on kertonut myöhemmin, että Barcelona ilmoitti hänelle Málagan tarjouksesta. Siirto olisi tuonut hänelle myös paremman palkan kuin mitä hän tuolloin ansaitsi katalonialaisseurassa.
Puolustaja päätti kuitenkin kieltäytyä. Hän ei pitänyt lähtöä oikeana ratkaisuna, vaan halusi jäädä Barcelonaan ja näyttää kykynsä.
Päävalmentaja Louis van Gaal antoi Puyolille aikaa miettiä tulevaisuuttaan. Lopulta espanjalainen päätti jatkaa seurassa ja pelasi vielä yhden kauden Barcelonan reservijoukkueessa ennen nousuaan edustusmiehistöön.
Lokakuussa 1999 edustusjoukkeessa debytoineen puolustajan ratkaisu jäi Barcelonan historian kannalta merkittäväksi. Puyol pelasi koko ammattilaisuransa katalonialaisseurassa, esiintyi sen paidassa 593 kertaa ja toimi joukkueen kapteenina kymmenen vuoden ajan.
Puyol halusi jäädä, ja seurauskollisuus palkittiin muun muassa kuudella Espanjan mestaruudella ja kolmella Mestarien liiga -pokaalilla.